在實驗中使用生物顯微鏡的正確步驟如下:
　　1.使用顯微鏡時，首先注意顯微鏡的通電規格(110v或220v)并插入正確的插座。
　　2.取出顯微鏡或取下儲物盒的防塵蓋。取出時，右手握住鏡臂，左手握住鏡座。取出后檢查顯微鏡是否臟。如果很臟，用95%的酒精擦拭鏡紙，去除物鏡上的灰塵或污染物。
　　3.開啟并調整合適的光源，避免光源過高、過強，使微生物標本死亡。
　　4.用塑料吸管取出待觀察的微生物，放在載玻片上，然后用蓋玻片以45度角覆蓋，避免產生氣泡。
　　5.將完成的標本放在顯微鏡臺上，用載玻片夾固定兩端；操作者左眼對準目鏡觀察，調整光源和光圈，使顯微鏡視野亮度均勻。通常，生物檢測從低放大率物鏡開始
　　6.轉動粗調輪，使低倍率物鏡下降，幾乎接觸到標本載玻片。對象圖像出現后，轉動微調輪進行反復微調，直到圖像清晰。
　　7.顯微鏡檢查時要看雙眼，找到合適的目標，將目標調整到視野中間進行觀察。
　　8.更換大功率觀察物鏡，用微調輪對準焦距，將光圈重新調整到合適的亮度，然后轉動微調輪反復微調，直到物體圖像清晰。
　　9.觀察時雙眼同時睜開，用左眼觀察，用右眼畫出結果。由于高倍物鏡焦距較淺，在繪制結果時需要轉動微調輪。描繪時不要有操作者的主觀意識，觀察到的實驗結果都要畫進去，不能選擇性填寫。